Fakultas Ekonomi Universitas Katolik Santo Thomas Sumatera Utara merupakan pengembangan dari ASM Budi Murni yang berdiri mulai 16 Mei 1980, dengan surat izin operasional dari Kopertis Wilayah I No: 066/PP/KOP.I/1982. Kemudian Keuskupan Agung Medan mengembangkan ASM Katolik Budi Murni menjadi Fakultas Ekonomi Univesitas Katolik Santo Thomas Sumatera Utara dengan surat persetujuan Kopertis Wilayah I No: 091/SK/KOP.I/1984 pada tanggal 23 April 1984, yang berlokasi di Jl. S. Parman 107, Medan. Pada periode ini, Fakultas Ekonomi membina Jurusan Manajemen dan Jurusan Akuntansi. Jurusan Manajemen terdiri dari 2 (dua) program studi, yaitu Program Studi Manajemen Perkantoran D3 dan Program Studi Manajemen S1. Jurusan Akuntansi terdiri dari 2 (dua) program studi, yaitu Program Studi Akuntansi D3 dan Program Studi Akuntansi S1.
Pada tahun 1986, Program Studi Manajemen S1 dan Program Studi Akuntansi S1 memperoleh status terdaftar dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No: 0387/0/1986. Pada tahun 1990 Fakultas Ekonomi Program Studi Managemen Perkantoran D3 memperoleh Status Diakui bedasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No: 006/0/1990 tanggal 4 Januari 1990. Pada tahun 1992, Fakultas Ekonomi Program Studi Manajemen S1memperoleh status Diakui berdasarkan SK. Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No: 0195/0/1992, tanggal 16 April 1992. Pada periode yang sama, Fakultas Ekonomi Program Studi Manajemen Perkantoran D3 memperoleh Status Disamakan berdasarkan SK. Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No: 223/DIKTI/Kop/1992, tanggal 1 Juni 1992. Pada tahun 1994, Program Studi Akuntansi S1 memperoleh status Diakui berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Depdikbud RI No:32/DIKTI/Kep/1994 tanggal 28 Januari 1994. Tahun 1996, Fakultas Ekonomi membuka Program Studi Akuntansi D-3 dengan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No: 453/DIKTI/Kep/1996
Dengan terbitnya Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No: 188/U/1998 tentang Akreditasi Program Studi pada Perguruan Tinggi untuk Program Studi Jenjang Sarjana, Program Studi Manajemen S1 dan Akuntansi S1 memperoleh status Terakreditasi berdasarkan SK BAN Perguruan Tinggi Depdikbud Nomor: 002/BAN-PT/Ak-II/XII/1998 tanggal 22 Desember 1998. Pada periode 1999- 2012, keempat program studi di Fakultas Ekonomi telah dua kali melakukan re-akreditasi. Adapun hasil akreditasi yang terakhir adalah sebagai berikut:
- Program studi Manajemen- S1, terakreditasi B, sesuai dengan SK BAN-PT No.: 610/SK/BAN-PT/Akred/S/II/2018 tanggal 27 Februari 2018
- Program Studi Akuntansi-S1, terakreditasi B, sesuai dengan SK BAN-PT No.: 446/SK/BAN-PT/Akred/S/II/2018 tanggal 13 Februari 2018
- Program Studi Administrasi Perkantoran-D3, terakreditasi C, sesuai dengan SK BAN-PT No.: 033/SK/BAN-PT/Ak-XII/Dpl-III/XII/2012 tanggal 28 Desember 2012
- Program Studi Akuntansi-D3, terakreditasi C, sesuai dengan SK BAN-PT No.: 029/SK/BAN-PT/Ak-XII/Dpl-III/XII/2012 tanggal 6 Desember 2012